Hình ảnh bệnh thối trái ca cao (Nguồn: Cargill)

* Thối trái, loét thân là bệnh do một loài nấm rất nhỏ gây ra (nấm Phytophthora Palmivora). Loài nấm này có mặt ở những trái ca cao bị thối (đặc biệt những trái có các bào tử nấm như phấn trắng thì có thể phát tán bệnh rất nhanh, ở trong đất, ở các vết loét thân (xì mủ)). 
* Triệu chứng bệnh trên quả:
- Lúc đầu vết bệnh rất nhỏ sau vài ngày có thể lan ra gần hết quả.
- Vỏ trái màu đen nhưng vẫn cứng.
* Triệu chứng bệnh trên thân:
- Buổi sáng thấy thân cây có những đốm nước chảy ra.
- Cạo lớp vỏ ngoài thấy xuất hiện màu nâu đỏ.
* Điều kiện phát triển:
- Bệnh phát triển chủ yếu trong mùa mưa (loài nấm này cần phải có nước thì mới có thể phát triển được).
- Do nước mưa rơi từ trái nhiễm bệnh sang những trái chưa nhiễm bệnh. 
- Phát triển mạnh đối với những vườn cây rậm rạp, độ ẩm không khí cao, vệ sinh vườn kém (không cắt bỏ trái thối và đưa ra khỏi vườn).
- Những vườn năng suất cao nhưng không đầu tư đầy đủ phân bón.
- Do côn trùng đậu lên trái nhiễm bệnh rồi đậu sang những trái chưa nhiễm bệnh. 
- Do dụng cụ cắt trái bị nhiễm mầm bệnh. 
* Phòng trị bệnh:
- Phòng trị bệnh trên quả:
+ Chọn giống kháng bệnh (trong vườn hạn chế trồng giống TD5, TD14 vì hai giống này rất dễ nhiệm bệnh)
+ Biện pháp canh tác: Hái ngay tất cả những trái nhiễm bệnh (dù xanh hay vàng, lớn hay nhỏ) khi thấy những vết đen nhỏ; đưa những trái bị bệnh và vỏ sau khi tách hạt ra xa khỏi vườn (hoặc là chôn, đốt hay xử lý bằng thuốc diệt nấm); giảm độ ẩm cho vườn (tỉa bớt cành cacao và cây che bóng cho vườn thông thoáng, dọn cỏ dại, thoát nước, lấp các vũng nước trong vườn)