- Ca cao cũng như những cây công nghiệp khác đều có sâu bệnh hại. Tuy nhiên, mức độ gây hại cho vườn cây phụ thuộc vào quá trình canh tác của chủ hộ. Để hạn chế tác hại của các bệnh trên ca cao cần chú ý tới: 
+ Tạo hình, tỉa cành cho vườn cây thông thoáng.
+ Vệ sinh đồng ruộng (cắt bỏ và mang nguồn bệnh ra khỏi vườn kịp thời). 
- Các loại bệnh gây hại chính trên cây ca cao là: Bệnh thối trái, thối thân do nấm Phytophthora palmivora gây ra và bệnh nấm hồng.