Thối trái, loét thân là loại bệnh do một loài nấm rất nhỏ gây ra (nấm Phytophthora Palmivora). Loài nấm này có mặt: ở những trái ca cao bị thối (đặc biệt những trái có các bào tử nấm như phấn trắng thì có thể phát tán bệnh rất nhanh, ở trong đất, ở các vết loét thân (xì mủ). 

* Triệu chứng bệnh thối quả:

- Lúc đầu vết bệnh rất nhỏ sau vài ngày có thể lan ra gần hết quả.

- Vỏ trái màu đen nhưng vẫn cứng.Triệu chứng bệnh thối thân:

- Buổi sáng thấy thân cây có những đốm nước chảy ra.

- Cạo lớp vỏ ngoài thấy xuất hiện màu nâu đỏ

- Khi bệnh nặng vọ bị tróc ra

* Điều kiện phát triển:

- Bệnh phát triển chủ yếu trong mùa mưa (loài nấm này cần phải có nước thì mới có thể phát triển được).

- Do nước mưa rơi từ trái nhiễm bệnh sang những trái chưa nhiễm bệnh. 

- Phát triển mạnh đối với những vườn cây rậm rạp, độ ẩm không khí cao, vệ sinh vườn kém (không cắt bỏ trái thối và đưa ra khỏi vườn).

- Những vườn năng suất cao nhưng không đầu tư đầy đủ phân bón.

- Do côn trùng đậu lên trái nhiễm bệnh rồi đậu sang những trái chưa nhiễm bệnh.

- Do dụng cụ cắt trái bị nhiễm mầm bệnh. 

* Phòng trị bệnh:

- Bệnh thối trái:

+ Chọn giống kháng bệnh (trong vườn hạn chế trồng giống TD5, TD14 vì hai giống này rất dễ nhiễm bệnh)

+ Biện pháp canh tác: Hái ngay tất cả những trái nhiễm bệnh (dù xanh hay vàng, lớn hay nhỏ) khi thấy những vết đen nhỏ; Đưa những trái bị bệnh và vỏ sau khi tách hạt ra xa khỏi vườn (hoặc là chôn, đốt hay xử lý bằng thuốc diệt nấm); Giảm độ ẩm cho vườn bằng cách: 

• Tỉa bớt cành ca cao và cây che bóng cho vườn thông thoáng. 

•  Dọn cỏ dại. 

•  Thoát nước, lấp các vũng nước trong vườn. 

+ Phun thuốc trị nấm để phòng bệnh cho những trái khỏe mạnh: Cuprous oxide 600 g/kg + Dimethomorph 120 g/kg (EDDY 72WP); Cuprous oxide 862 g/kg (Norshield 86.2WG );  Metalaxyl M + Mancozeb (Ridomil gold); Fosetyl aluminium (Aliette).... Phun trước những ngày mưa kéo dài.

- Bệnh thối thân:

+ Trong mùa mưa cào lá ra để trống gốc cây nhằm giảm độ ẩm khu vực gốc.

+ Khi thấy vết bệnh dùng dao cạo lớp mỏng vỏ ngoài để lộ hết vết bệnh, dùng thuốc bệnh bối lên vết bệnh Cuprous oxide 600 g/kg + Dimethomorph 120 g/kg (EDDY 72WP); Cuprous oxide 862 g/kg (Norshield 86.2WG );  Metalaxyl M + Mancozeb (Ridomil gold); Fosetyl aluminium (Aliette)

+ Cây hoặc cành chết cần đưa ra khỏi vườn và đốt bỏ.

* Bọ xít muỗi: Bọ xít muỗi chích trái ca cao có những vết đen tròn như đầu tăm, nếu mật độ vết chích của BXM nhiều sẽ làm cho trái non bị khô héo, trái đang lớn bị dị dạng dấn đến năng suất vườn cây bị giảm.

=> Cách khắc phục: Cần kiểm tra vườn cây thường xuyên để phát hiện BXM. Vệ sinh vườn cây thông thoáng (cả cây che bóng và ca cao), sử dụng thiên địch (kiến đen, kiến vàng,...), khi mật độ BXM nhiều dùng thuốc: Cypermethrin min 90 % (Cymerin 25 EC); Thiamethoxam 250g/kg (Thiamax 25WDG ); Emamectin benzoate 50 g/kg (Actimax 50WDG). phun cho toàn vườn cây, cần phun thuốc 2 lần, lần 2 sau lần 1 từ 7 - 10 ngày.