Sản xuất cà phê bền vững trong đó chú trọng việc tăng cường sử dụng phân hữu cơ và chế phẩm sinh học đang là xu hướng chung của thế giới và Việt Nam. Các chế phẩm sinh học cơ bản hiện đang được sử dụng cho cây trồng được chia làm 3 nhóm sản phẩm với các tính năng khác nhau:
* Nhóm chế phẩm sinh học ứng dụng cho việc phòng trừ sâu bệnh hại cây trồng: Đây là nhóm sản phẩm được ứng dụng khá rộng rãi và sớm nhất trong lĩnh vực cây trồng. Số lượng các loại thuốc bảo vệ thực vật có nguồn gốc sinh học trong danh mục thuốc bảo vệ thực vật cho phép sử dụng của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn có xu hướng tăng lên hàng năm. Các loại chế phẩm sinh học phòng trừ sâu bệnh hại cây trồng ngoài tác dụng phòng trừ sâu bệnh còn có khả năng giúp tăng khả năng đề kháng bệnh của cây trồng, không làm ảnh hưởng đến môi trường như các loại thuốc bảo vệ thực vật có nguồn gốc hóa học khác.
* Nhóm chế phẩm sinh học dùng cho sản xuất phân bón hữu cơ sinh học, phân hữu cơ vi sinh, chất kích thích tăng trưởng bón cho cây trồng: 
+ Phân hữu cơ sinh học: Là sản phẩm phân bón được tạo thành thông qua quá trình lên men vi sinh vật các hợp chất hữu cơ có nguồn gốc khác nhau, có sự tác động của vi sinh vật hoặc các hợp chất sinh học được chuyển hóa thành mùn. Trong lọai phân này có đầy đủ thành phần là chất hữu cơ, có phối chế thêm tác nhân sinh học (vi sinh, nấm đối kháng ) bổ sung thêm thành phần vô cơ đa lượng (NPK) và vi lượng. Tùy thuộc vào nhu cầu của sản xuất mà có thể cân đối phối trộn các loại phân nguyên liệu sao cho cây trồng phát triển tốt nhất mà không cần phải bón bất kỳ các loại phân đơn nào. Phân phức hợp hữu cơ sinh học có thể dùng để bón lót hoặc bón thúc. Loại phân này có hàm lượng dinh dưỡng cao nên khi bón trộn đều với đất. Nếu sản xuất phù hợp cho từng loại cây trồng thì đây là loại phân hữu cơ tốt nhất.
+ Phân bón hữu cơ sinh học, phân hữu cơ vi sinh được sự trợ giúp của vi sinh vật chuyên biệt có khả năng thúc đẩy nhanh quá trình chuyển hóa các phế thải hữu cơ thành phân bón.
+ Nhóm nấm đối kháng Trichoderma hiện nay đang được ứng dụng rất rộng rãi trong công nghệ sản xuất phân hữu cơ sinh học hiện nay ở Việt Nam. Phân hữu cơ sinh học có phối trộn thêm nấm đối kháng Trichoderma là loại phân có tác dụng rất tốt trong việc phòng trừ các bệnh do một số nấm bệnh gây ra: Furasium solani, Pythium sp, Sclerotium rolfosii….
* Nhóm chế phẩm sinh học dùng cho cải tạo đất, xử lý phế thải nông nghiệp:
+ Nhóm chế phẩm sinh học cải tạo đất: Sử dụng các vi sinh vật sống ở vùng rễ cây có khả năng sản sinh ra các axit hữu cơ và tạo phức với kim lọai nặng hoặc kim lọai độc hại với cây trồng ( nhôm, sắt...), một số vi sinh vật khác có khả năng phân hủy hợp chất hóa học có nguồn gốc hữu cơ. Các vi sinh vật có khả năng phân giải hoặc chuyển hóa các chất gây ô nhiễm trong đất, qua đó tạo lại cho đất sức sống mới. Các vi sinh vật sử dụng còn có khả năng phân hủy các chất phế thải hữu cơ, cung cấp dinh dưỡng cho cây trồng, đồng thời giúp cây tăng khả năng kháng bệnh do các tác nhân trong đất gây ra. Các vi sinh vật thường được sử dụng trong cải tạo đất thoái hóa, đất có vấn đề do ô nhiễm được ứng dụng nhiều như nấm rễ nội cộng sinh (VAM - Vacular Abuscular Mycorhiza ) và vi khuẩn Pseudomonas.
+ Nhóm chế phẩm xử lý các phế phẩm nông nghiệp: Sử dụng các vi sinh vật phân hủy cellulose, có khả năng phân hủy, chuyển hóa các chất hữu cơ bền vững, phế thải nông nghiệp