Để phòng trừ bệnh gỉ sắt có thể áp dụng các biện pháp sau:
* Biện pháp ghép chồi: mua chồi cà phê ở các vườn nhân giống vô tính của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông Lâm nghiệp Tây Nguyên đã được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn công nhận như các dòng vô tính có khả năng kháng bệnh gỉ sắt và cho năng suất cao: TR4, TR5, TR6, TR7, TR8, TR9, TR11, TR12, TR13.

* Biện pháp sinh học: Sử dụng một trong các loại thuốc sinh học như: Trichoderma viride (Biobus 1.00 WP), Trichoderma spp +  K-Humate + Fulvate + Chitosan + Vitamin B1 (Fulhumaxin 6.15 SC). 

* Biện pháp hóa học:

- Chỉ phun thuốc đối với các cây bị bệnh gỉ sắt. Khi phun thuốc phải bảo đảm phun vào mặt dưới lá, ướt đều các lá trên cây; thời điểm phun lần đầu khi cây có 10% lá  bị bệnh (thường xảy ra sau khi bắt đầu mùa mưa 2 - 3 tháng), phun 2 - 3 lần, mỗi lần cách nhau 1 tháng.

- Tùy thuộc vào việc anh có tham gia các tổ chức sản xuất cà phê bền vững hay không mà quyết định sử dụng các loại thuốc thích hợp:

+ Không tham gia tổ chức chứng nhận cà phê: Sử dụng một trong các loại thuốc hóa học như: Hexaconazole (Anvil 5 SC) nồng độ 0,2%; Propiconazole (Tilt 250 EC) nồng độ 0,1%; Difenoconazole + Propiconazole (Tilt Super 300 EC) nồng độ 0,1%; Diniconazole (Sumi - eight 12,5 WP, Danico 12.5 WP) nồng độ 0,1%; Benomyl + Copper oxychloride (Viben - C 50 WP) 0,2%; Carbendazim (Cavil 50SC, 50WP, 60 WP; Arin 25 SC, 50 SC)…

+Tham gia tổ chức chứng nhận cà phê của UTZ, RA: Sử dụng một trong các loại thuốc: Hexaconazole (Anvil 5 SC) nồng độ  0,2 %; Propiconazole (Tilt 250 EC) nồng độ 0,1 %; Difenoconazole + Propiconazole (Tilt Super 300 EC) nồng độ 0,1%; Diniconazole (Sumi - eight 12,5 WP, Danico 12.5 WP) nồng độ 0,1%; Carbendazim (Cavil 50 SC, 50 WP, 60WP; Arin 25 SC, 50 SC).

+ Tham gia tổ chức chứng nhận cà phê của 4C: Sử dụng một trong các loại thuốc: Diniconazole (Sumi - eight 12.5 WP; Danico 12.5 WP) nồng độ 0,1%.