1. Rầy trắng đó gọi có tên gọi là rệp sáp hại quả. Thường gây hại cà phê vào giai đoạn quả non. Cách phòng trừ như sau:
- Bảo vệ các loài thiên địch: bọ rùa đỏ, bọ rùa nhỏ, bọ mắt vàng...
- Khi rệp mới xuất hiện với tỷ lệ cành bị hại còn thấp có thể cắt đốt cành bị rệp.
- Khi thấy khoảng 10% số chùm quả trên cây có rệp thì tiến hành phun thuốc. Dùng máy bơm cao áp xịt mạnh nước vào chùm quả có rệp để rửa trôi rệp trước rồi tiến hành phun thuốc. Chú ý chỉ phun cây có rệp và phun kỹ. Do rệp nằm giữa các kẽ quả trong chùm quả và còn được lớp sáp không thấm nước bên ngoài bảo vệ. Vì vậy để việc phun thuốc có hiệu quả cần phải phun thật kỹ vào các chùm quả sao cho thuốc có thể tiếp xúc được rệp. 
- Tùy thuộc vào tổ chức hay cá nhân có tham gia các tổ chức chứng nhận cà phê bền vững hay không mà quyết định sử dụng các loại thuốc cho phù hợp (nằm trong danh mục cho phép của các tổ chức chứng nhận cà phê bền vững).
+ Không tham gia tổ chức chứng nhận cà phê bền vững: Sử dụng các loại thuốc nằm trong danh mục thuốc bảo vệ thực vật được sử dụng do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành hàng năm. Có thể sử dụng một trong các loại thuốc sau theo nồng độ hướng dẫn trên nhãn thuốc, phun 2 - 3 lần cách nhau 7 - 10 ngày: Methidathion (Suprathion 40 EC), Chlopyrifos Ethyl (Mapy 48 EC), Profenofos (Selecron 500 EC); Cypemethrin + Profenofos (Polytrin P 440 EC); Imidacloprid (Admire 200 OD); Spirotetramat (Movento 150 OD); Dinotefuran (Cheer 20 WP)…
+ Tham gia tổ chức chứng nhận cà phê của UTZ, Rain forest: Thuốc được sử dụng không thuộc danh mục cấm của UTZ, Rain forest. Sử dụng một trong các loại thuốc sau theo nồng độ hướng dẫn trên nhãn thuốc, phun 2 - 3 lần cách nhau 7 - 10 ngày: Chlopyrifos Ethyl (Mapy 48 EC), Profenofos (Selecron 500 EC); Cypemethrin + Profenofos (Polytrin P 440 EC); Imidacloprid (Admire 200 OD); Spirotetramat (Movento 150 OD); Dinotefuran (Cheer 20 WP)… + Tham gia tổ chức chứng nhận cà phê của 4C: Chlopyrifos Ethyl (Mapy 48EC), Spirotetramat (Movento 150 OD) nồng độ sử dụng 0,125 %; Dinotefuran (Cheer 20 WP)…
+ Tham gia tổ chức chứng nhận cà phê của 4C: Thuốc được sử dụng không thuộc danh mục cấm của 4C. Sử dụng một trong các loại thuốc sau theo nồng độ hướng dẫn trên nhãn thuốc, phun 2 - 3 lần cách nhau 7 - 10 ngày: Chlopyrifos Ethyl (Mapy 48 EC), Spirotetramat (Movento 150 OD) nồng độ sử dụng 0,125 %; Dinotefuran (Cheer 20 WP)…

2. Cách phòng trừ mọt đục quả:
- Thu hái kịp thời các quả chín trên cây, đặc biệt là vào giai đoạn quả chín bói đầu vụ để hạn chế sự lây lan của mọt sang các quả bên cạnh và các cây xung quanh.
- Vệ sinh đồng ruộng sau khi thu hoạch bằng cách thu tất cả các quả khô và chín còn sót lại ở trên cây và dưới đất.
- Cần bảo quản quả, hạt cà phê khô ở ẩm độ dưới 13% trong kho để không bị mọt gây hại trong quá trình bảo quản.